Allar gildar umsóknir eru metnar af viðeigandi fagráði (þrep 1). Fagráð afgreiðir hverja umsókn með rökstuddri, skriflegri greinargerð og forgangsraðar umsóknum á grunni hins faglega mats (sjá kafla 4 og 5 í handbók). Til viðbótar hinu faglega mati, sem fagráð skilar, skal stjórn Markáætlunar miða umfjöllun sína við stefnu Vísinda- og tækniráðs 2017-2019.
Eftir að fagráð hefur lokið störfum sínum fundar formaður fagráðsins með stjórn Markáætlunar þar sem hann gerir grein fyrir fagráðsvinnunni og hvort álitamál hafi komið upp við mat umsókna. Formaður gerir sérstaklega grein fyrir þeim umsóknum sem metnar voru bestar. Að fengnum umsögnum fagráða býður stjórn forsvarsmönnum efstu umsókna til kynningar (þrep 2).
Umsækjendur fá 15 mínútur til að kynna verkefnið og aðrar 15 mínútur til að svara spurningum frá stjórn. Að þessu loknu tekur stjórn ákvarðanir um fjárveitingar úr Markáætlun þar sem einnig er tekið tillit til almennra áherslna Vísinda- og tækniráðs, þ.e. úthlutunarstefnu sjóðsins.
Þegar úthlutun liggur fyrir fá umsækjendur svarbréf í hendur með lokamati fagráðs.